拉特蒙古各部首领联名归顺清朝，成为清朝的藩属dmshu ⊕cc
然而好景不长，清康熙十五年（1676年），逐渐强大起来的准噶尔部首领噶尔丹打败了时任卫拉特盟主的和硕部首领鄂齐尔图汗dmshu ⊕cc
此后，他一步步的将原本松散的联盟体制变为中央集权的体制，把自己作为准噶尔部首领的台吉地位上升为汗王，于清康熙十七年（1678年）正式建立准噶尔汗国dmshu ⊕cc
从此改变了卫拉特与清朝的主从关系，标志着卫拉特蒙古的重新独立dmshu ⊕cc此后，准噶尔汗国在葛尔丹的带领下走上了扩张的道路dmshu ⊕cc
康熙十七年出兵南疆，占领叶尔羌汗国；康熙二十七（1688年）年，葛尔丹又突然率兵越过杭爱山（古称燕然山），大举进攻土谢图汗，迫使喀尔喀蒙古诸部向南迁移dmshu ⊕cc
康熙二十九年（1690年），噶尔丹又率大军进攻漠北喀尔喀蒙古，这一下可逼得康熙不得不出手还击了dmshu ⊕cc
这时的清朝，已经从被三藩之乱折腾得半死中逐渐恢复了元气，又通过两次雅克萨之战，于康熙二十八年与沙俄签订了中俄《尼布楚条约》，划定了中俄东段边界dmshu ⊕cc
暂时平息了与罗刹国的纷争，终于可以腾出手来对付噶尔丹了，于是就有了自康熙二十九年开始的三次亲征漠北dmshu ⊕cc
这仗断断续续，前后打了近七年，前两次大战沉重的打击了噶尔丹的统治地位，康熙三十六年（1697年）二月，康熙第三次带兵渡过黄河亲征dmshu ⊕cc
这时，噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦趁着后方空虚，占领了噶尔丹的根据地伊犁，并且夺取了他控制下的哈密，切断了他的退路dmshu ⊕cc
消息传到了前线，噶尔丹军中人心大乱，部属们纷纷投降，噶尔丹众叛亲离，兵败流窜一年后，在走投无路之下服毒自尽dmshu ⊕cc
康熙三次亲征噶尔丹，并没有清朝自己宣扬的那么辉煌，充其量只是打了几次自卫反击战，成功阻止了准噶尔的东进，将被夺走的喀尔喀蒙古重新并入了版图，没有攻占漠西卫拉特蒙古的一寸土地dmshu ⊕cc
康熙三十七年九月，策妄阿拉布坦遣使清朝，献上噶尔丹的尸体并向清朝臣服，继任了准噶尔部的台吉dmshu ⊕cc
康熙五十六年（1717年），策妄阿拉布坦在伊犁河北岸建固勒扎都纲（金顶寺），所以后来清朝称这个地方为固勒扎（今新疆伊犁自治州首府伊宁市）dmshu ⊕cc
在策妄阿拉布坦的统治下，准噶尔部又逐渐的强大起来，再一次走上了