剧本的时候，是从续集的角度出发，但导演山姆雷米想拍的不是续集，所以他要求林明阳对剧本重新进行修改
这样一来，故事就必须重新回到原点，按照导演“成熟”的观众群定位，林明阳把新蜘蛛侠的故事放在了大学校园里主角彼得自幼父母双亡，他和叔叔、婶婶一起生活在纽约皇后区，他是某大学生物系的高材生，但就像许多破碎家庭的孩子一样，尽管彼得在导师眼中是一个少见的天才，但他的社交能力却很差，为此还经常遭受一些同学的嘲弄
彼得在学校里的唯一好友哈里和他有一样的身世经历，哈里的父亲是一位科学家，身前还拥有一家高科技公司但是在一次意外的实验事故中，他的父亲不幸身故，留下了一笔数目客观的遗产从小缺乏家人管束的哈里和彼得性格截然不同，他相貌英俊，开着豪华跑车出入校园，和大家公认的校花玛丽在谈恋爱，是学校社交圈里的高手
在哈里的鼓动下，彼得也曾经向不同的女孩发起过恋爱攻势，不过最终都以失败而告终，他因此变得更加的自卑在彼得心里还有一个秘密，其实他真正的梦中情人是一位名叫温格的好莱坞女影星，年轻人对她都很着迷，所以从一开始，这只是彼得的单相思
在一次生物实验中，彼得不慎被一只不知名的异种蜘蛛咬伤他的手马上肿了起来然后身体出现了中毒的症状，头晕得厉害而且变得虚弱无力，彼得想要打电话给哈里求救，但正忙着泡妞的哈里却挂掉了他的电话无奈的放下电话，彼得突然意识到自己连爬的力气都没有了，打着哆嗦的他挣扎着昏到在实验室里，然后就什么也不知道了
在一夜高烧之后，第二天醒来，彼得突然发现自己竟被神奇地赋予了蜘眯的那种能够感知危险来临的第六感以前他走路的时候因为习惯性的思考问题，经常会被校园里到处乱飞的各种球类砸到脑袋，甚至经常走路撞到墙自从被那只神秘的蜘蛛咬了之后，这种情况就再也没有发生过他总是能够提前避开各种危险，而那些喜欢捉弄他的同学也屡屡失手，无论如何变换手段小彼得就像后脑勺长了眼睛一眼，总是能够在关键的时刻化险为夷
同时彼得也感受到了自己身体的变化，他变得敏锐、迅捷，身体里透出无穷的力量，双手竟然可以放射出强韧的蜘蛛丝支持自己在空中的飞行并且还具有了一种敏锐的超感知“蜘蛛感官”他也不再需要戴眼镜了，他的视力奇迹般地恢复到了最佳状态
在慢慢的熟悉了自己的超能力之后，彼得利用实验材料为自己设计了一套高分子生物战斗服神秘的蜘蛛侠开始出现在纽约的大街小小巷，协助警察打击各类犯罪在一次被彼得成功阻止的交通事故中，他与自