鲁番统治权之机，阿不杜拉带领叶尔羌汗国军队出兵吐鲁番，再次统一了叶尔羌汗国，并使哈密市臣服
他任命胞弟苏里唐为吐鲁番阿奇木，直接行政管辖吐鲁番市接着，他出兵伊犁河谷
在巩乃斯草原击败了准噶尔汗国军队，重新控制伊犁河谷和巴尔喀什湖一带
经过一系列战争，叶尔羌汗国再次统一塔什干和费尔干叶尔羌汗国大体恢复到赛依德时期的疆域
1655年，阿不杜拉与清朝建立联系第二年，阿不杜拉向清朝称臣，并遣使入贡
1665年阿不杜拉朝觐归途中在印度德里死去
1665年，阿不杜拉长子尧勒瓦斯继承汗位，两年后，尧勒瓦斯被谋杀，其弟司马依继位
此时，叶尔羌汗国的统治范围急剧缩小塔什干、费尔干等帕米尔以西地区脱离了叶尔羌汗国
在伊犁河谷和巴尔喀什湖一带准噶尔汗国取代了叶尔羌汗国的统治
司马依的统治勉强维持了十二年
1680年伊善教派的白山派首领和准噶尔可汗推翻了司马依的统治赛依德家族的叶尔羌汗国结束了
叶尔羌汗国从1514年建立，历经6代、11位汗主政，到1680年被准噶尔部灭亡，存在了166年
叶尔羌汗国的首都在现在的莎车，鼎盛时期的疆域包括吐鲁番、哈密、塔里木盆地
汗国版图的东方是嘉峪关、南方是西藏、西南是克什米尔、西方与乌兹别克布哈拉汗国为邻，与乌兹别克以费尔干纳谷地为界，北方以天山为界，与东察合台吐鲁番汗国相邻