一兄长赫力烈在伊犁河谷和七河流域发动暴乱反对满速尔汗，并颠覆了亦力把里政权
不久，暴乱被满速尔汗平定，赫力烈被杀，赛依德逃亡到帕米尔高原，并控制了费尔干盆地
由于在塔里木盆地以南扩张的屡次受挫，他逃往阿富汗的喀布尔城，投奔远亲帖木儿的后裔巴布尔
1512年，赛依德随巴布尔的军队回到撒马尔罕城
但1512年，乌孜别克军队攻占费尔干盆地，巴布尔军溃败赛依德再次进入塔里木盆地南缘
1512年秋，赛依德率兵攻占阿图什，切断了阿克苏与喀什的联系，围困了杜格拉部的统治者阿巴拜克
暴君阿巴拜克被困三个月，突围逃往叶尔羌城
1513年，喀什、阿克苏、叶尔羌相继被赛依德的军队攻陷
在叶尔羌城城被攻陷前阿巴拜克让位给儿子，自己携大批财宝外逃，他将大批财宝倒入喀浪沽河，企图拖延赛依德军队追击的速度
但他仍旧在昆仑山被俘，在押往叶尔羌的途中被秘密处死
1514年9月，赛依德正式称汗，定都叶尔羌，建立了叶尔羌汗国
随着东察合台汗国的衰微，叶尔羌汗国的势力渗入伊犁河谷和巴尔喀什湖一带
1516年，满速尔汗向赛依德称臣
之后，赛依德相继征服了巴达克山和帕米尔高原南部的瓦罕地区，并一度深入到今巴基斯坦俾路支地区
随后赛依德领兵进攻克什米尔，突入克什米尔腹地，并逼近克什米尔都城，但不久遭到当地军民的反抗
1533年，赛依德撤军，病死在返回叶尔羌的途中，汗位的继承权引发统治阶级内部纷争
汗国宰相阴谋篡权未遂，被赛依德汗的长子拉失德处死
1533年，拉失德成为叶尔羌汗国的第二代汗他是一个对文化活动相当重视的君主，叶尔羌汗国进入了文化繁荣期
他在位期间，其妻子阿玛尼沙罕开始组编《木卡姆》，为后人留下了宝贵的文化财富
1570年，热西德死后，其子阿不都克里木继位
当东察合台汗国的沙汗战死后，阿不都克里木趁机出兵占领吐鲁番、哈密等东部地区，重新统一西域
穆罕默德之后，其子艾合买提有过短时间执政
拉失德的九子阿不杜热依木进军叶尔羌企图称汗，但在阿克苏遭到打击
1594年，阿不杜热依木在吐鲁番建立政权统辖东起哈密西至赛拉米（今拜城）之间的塔里木盆地的北缘地区
并一度越过天山，使准噶尔盆地以东的七个小汗国臣服于他
叶尔羌汗国开始分裂之后，叶尔羌汗国的统治权又回到拉失德汗诸子手中
新可汗是阿不都里提夫叶尔羌汗国的衰败自此开始他死后，其婿穆罕默德继位
1627年，吐鲁番统治者阿不杜热依木之子阿不杜拉继位
乘其兄弟争夺吐