令以下各级官员都到省阁谢罪，奏言收捕侯汶以审查其实情。皇帝下诏书说：“不忍心把侯汶交给司法部门处理，可杖打五十。”自此之后，百姓大多得到赈济保全。长安城内，人人赞扬献帝刘协的仁君风范。郭汜等人有鉴于此，加紧控制刘协，其权力受到极大的限制。
这年八月，冯翊羌反叛，侵犯属县，郭汜、樊稠率兵马打败了他们。屯于郿城的征西将军马腾和屯于金城的镇西将军韩遂与朝臣种邵、马宇、刘范(刘焉之子)联系，借机袭击长安，李傕派郭汜、樊稠以及侄子李利与马腾、韩遂在大战于长平观下。由于郭汜部将兵士都是西凉勇士，兼且在军队数量上也超过了马腾所部，不久马腾、韩遂大败，被斩杀一万多人，马腾、韩遂从此退回凉州。直到曹操成为天下第一诸侯，攻打孙刘联盟之时，他才率军攻袭曹操所设都城许昌。眼见一时之间，朝廷无力完全诛灭马腾，不久便下诏赦免马腾等人。四月，以马腾为安狄将军，韩遂为安降将军。
至此，长安初定，李傕、郭汜、樊稠等人一起总领朝纲，可是一山不容二虎，三年之后，为了争夺最高统治权，郭汜等人不顾曹操、公孙瓒、袁绍、袁术、孙策等人虎视眈眈，李傕、郭汜把樊稠杀掉，接着李傕、郭汜也反目成仇。李傕劫持皇帝刘协，郭汜劫持文武大臣，就在长安城中对垒攻杀，五个月中，死伤数万人。长安成了恐怖与饥饿的鬼城。后来由另一位大将张济从中调解，两大军阀才同意释放刘协和群臣，让他们东返洛阳。长安城空四十余日，强壮的人向外逃散，老弱互相杀害煮食。两三年之内，关中很少看见行人。长安紧接着洛阳，成为第二个遭到浩劫的都市。军阀争战之祸，实在是令人发指。
刘协和群臣刚逃出长安，李傕、郭汜二人才翻然悔悟，自己竟然愚不可及地放掉了护身符，放掉了这个可以统领群雄、号令天下的信物。于是，二人马上又化敌为友，飞马追赶刘协。刘协像被缉捕的盗贼一样，亡命奔逃数百里。携群臣老弱，历时几个月的时间，到第二年才算逃到洛阳。刘协与群臣星夜离开长安，妄想到达洛阳之后，重新中兴汉室，可当他们到达洛阳之后，眼见满目疮痍，一堆瓦砾，顿时伤心不已，有甚者更是老泪纵横。没有房屋住，也没有东西吃，高级官员们亲自到野外捡柴挖菜，有些就在断瓦残垣间饿死。有些怀中有珠宝的，就被士兵抢劫后杀死灭口。御前会议也只能在废墟上举行，这时，皇帝的权威荡然无存，全国被大小诸侯割据，南有荆州刘表，交州士燮，中有徐州吕布，东有江东孙策，益州(西川)有刘