军已撤回大陆，所以荷兰人在毫无抵抗的情况下占领了澎湖，并升起了东印度联合公司的旗帜。
他们的这种做法这结果是引来明朝的，沈有容将军与50艘海军战舰。当他们发现自己的两艘战舰已经被五十艘明朝的战船团团包围时，明智地选择了撤退。
1606年，荷军在马六甲海峡击败西葡联合舰队，掌握了远东除中海海域外所有的制海权。1619年，荷兰联合东印度公司的总部迁至巴达维亚（今雅加达），在之后的数年内建立了一系列殖民据点。
1622年，已经实力大涨的荷兰人决定卷土重来，巴达维亚总督库恩（
Coen）派遣雷耶斯佐恩率领16艘荷战舰，4艘英国船，1524名士兵，准备打开中国的国门，一雪前耻。
1622年7月11日，雷耶斯佐恩利用明军汛兵撤回大陆的空白期率舰队登陆澎湖。也就造成了现在这样的局面。
时间回到现在：
为了做持久战的准备，明军也在澎湖筑石城，双方对峙，相有胜负。不久，南居益亲至澎湖督师，指挥各处明军集结，一批批福建士兵不断地登陆，最终在11月31日，这个弹丸之地竟集结了超过一万名的明军和200条战船。
就在这一天，朱由校终于到达了福建。
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