掌管全国的人事任免（虽然明代人任由吏部决定的，但最后需要皇帝签字），而万厉的怠政，导致了地方官职出了大问题为明末整个地方脱离中央政府的控制要有巨大的责任
不过，当然，朱由校并不会离开太多时间，最多也几个月罢了
不过当真的向内阁提出自己要南巡的意愿时，却得到了负面的答复内阁以劳民伤财为由拒绝了，并且还暗示不要向武宗学习好吧，在批斗武宗这一点上，内阁的建议还是中肯的
皇帝南巡，就意味着要修建行宫，黄土铺路，净水泼街，这对国家的经济有很大负担历朝历代，皇帝外出巡狩，都是一笔不小的支出（晚唐，晚清除外），以前在大明的财政状况，内阁的拒绝是情理之中的
历史上，乾隆六下江南，累计花费白银二千余万两，前后修建行宫三十余座甚至为修路盖宫殿，强占良田土地，使沿途农民流离失所，民不聊生
乾隆三十年南巡时，亲眼瞧见官员们拆毁民屋以建行宫当场热烈表扬了官员们的“孝心”，加官进爵，赏银两万两
大臣尹会一上奏章说南巡造成“民间疾苦，怨声载道”，乾隆大火：“民间疾苦，指出什么地方疾苦？怨声载道，指出什么人载道？”（“汝谓民间疾苦，试指何人疾苦?汝谓怨声载道，试指何人怨言？”《清代通史》）
纪晓岚曾趁便称江南人民的财产已经枯竭，乾隆怒斥：“看文学上还有点能力，才给一个官做，其实不过当作娼妓豢养罢了，怎么敢议论国家大事？”（“朕以汝文学尚优，故使领四库全馆，实不过以倡优蓄之，汝何敢妄谈国事！”）
当然，穷奢极欲至此，中国历史上也仅有满清这一例，不过，历史上其皇帝的南巡虽然程度、规模远远不及，但性质别无二致
再加上大明本朝，就有一个正德皇帝南巡闹出了不小的乱子，内阁的心里可是一片阴影，对这个负面例子以史为鉴便，更不可能同意了
当然，朱由校自然是不可能这么轻易放弃的，更何况，的南巡并不是为了享受，而是视察
把自己的计划整理成案，派人递给了内阁，内阁尚未作出答复：
为了以免劳民伤财，所以朱由校决定并不修建御道与行路，不走陆路，直接走海路；内阁由此对安全问题表示怀疑
至于行程，朱由校打算先去辽东犒劳军队；然后再去一趟朝鲜；随后去山东查看灾后重建的情况，之后先去南京休整一下，最后去福建视察移民和海防，再去广东广州，查看海贸
在这里顺便说一下，山东的第一批移民总共只有二千户，不足万人，目前已经在辽东扎了根儿而第二批移民，经朱由校和内阁商量，放弃了根本制定的继续移民辽东政策kreda。
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