暗中支持下屡次与自己作对
后来杨广、杨思平等人陆续来到江陵，杨佺期在他眼中变得越加放肆
绝不能让杨佺期比下，午夜时分，桓玄率三百战船夜袭横江水营，司马恢之猝不及防，被烧毁营寨，水师尽丧，只身狼狈败逃
司马恢之收到白石、横江皆败的消息，下令残余的兵马严守历阳城，将长江通道让出
九月十六日，桓玄、杨佺期合兵一处，没有进攻历阳，而是顺江而下，兵临石头城，京城震动……
司马道子就住在西堂，急召群臣商议
车胤奏道：「北府军威胁已解，可召征讨都督司马元
显回防京城，北府军刘将军前往新亭，丹阳尹王恺发建康百姓固守石头城」
为安北府军之心，司马道子以朝庭名义下旨令刘牢之都督兖、青、冀、并、徐、扬州晋陵诸军事不过司马道子对刘牢之满是戒心，王恭所任的青、衮刺名之职并未授予刘牢之
刘牢之接到朝庭旨意，且喜且惊，喜的是朝庭还算言而有信，自己名正言顺地成为北府军统率，可是从任职能看出，朝庭对自己并不信任
对于朝庭命他率北府军前往新亭抵御荆州军的旨意，刘牢之以整顿北府军为名拖延，他有心远离朝庭与荆州军的争斗
九月十七日，司马元显率王珣、谢琰等人回归建康城，城中稍安
东堂庭议，司马元显力劝司马道子诛杀王恭，以免王恭一党成为荆州军的内应
荆州军兵临石头城，司马道子早已吓得六神无主，听从司马元显的谏言，下令斩杀王恭及其家人、党羽
倪塘，建康城南方山之北，搭起棚席，许多峨冠大袖的士人前来送王恭最后一程
京中世家纷纷派人前来，琅琊王家王凝之，陈郡谢家谢琰之子谢混，庾、桓、温、郗等世家都派人前来谢混已经迎娶晋陵公主，官居驸马都尉
王恭头戴三梁冠，身披鹤氅，神色如常地与众人见礼，有如在林间悠游
王凝之心中伤感，让侍从奉上美酒，举杯道：「孝伯，念此死生变化非常理，中心恻怆不能言，请饮送别酒」
王恭举杯饮尽，理了理被风吹乱的胡须，叹道：「吾本心对朝庭忠心耿耿，愿百年之后还有后人知吾」
将酒杯放回托盘，王恭看了看一同赴死的五个儿子，还有兄弟王爽及其子王和，故吏孟璞、张恪等人，叹道：「吾识人不明，轻信刘牢之，落得如此地步，夫复何言」
说罢，盘膝坐席，闭目口诵佛经一卷经文念罢，刀光闪过，人头落地
观刑的众人烧罢纸钱，纷纷登上牛车回返，王恭之死让太原王恭一脉几为覆灭，难免让人感觉兔死狐悲，世家众人都为之惋惜的同时暗自心惊，司马道子父子斩杀大臣株连亲眷，非仁恕之道也
…………
石头城，桓玄和杨佺期听闻王恭被杀，株连兄弟子