对样明显待有偏颇的议罪结果，朱常洛还是有些不满的。
朱常洛说道：“蓟镇的涉案军官是不是杀的有点过重了。孤看到有些涉案人员职级不过小旗，贪腐银两也不过仅为数两，但是在量罪之中，却被处以斩刑。是不是有些重了？”
申时行听到朱常洛这话以后，申时行说道：“殿下，涉案者虽为小旗，但其害亦不在总兵官之下，他们手中权力虽小，职务虽低，可几乎个个手里都有一纸难书之罪过。这些小旗们他们日常欺压军户为奴，私卖朝廷军械，目无法纪，其害之甚，犹难恕之。”
朱常洛沉默了。
这是烂到了骨子里啊，一个小小的不入流的小旗，竟然也能干起欺压军户，私卖朝廷军械的勾当。可想而知，这整个大明的军镇到底还有多少肮脏龌龊的事情没有被爆出来。
朱常洛说道：“一个小旗竟然都如此猖狂，可见蓟镇之害已甚于虎。然孤以为，小旗都能如此张狂，其根本就在于蓟镇高层的败坏，他们带头破坏了朝廷的法度，下面的人自然也就有样学样。所以，当下要考虑的就是此案结束以后，如何重新管控军镇。这一点，内阁可有章法？”
申时行没想到朱常洛把话题一转，转到了军镇管理上去了。
这一下子就戳中了申时行的短板，申时行他可没有过地方主政经验，也没有过边镇管理经验。
猛然的面对朱常洛这一发问，申时行只能说道：“臣会和内阁商议出一个章程，然后着令兵部，都察院和五军都督府从严监督军镇事务，防止再有贪腐之徒，欺上瞒下，败坏卫所。”
朱常洛叹息一声，显然他不满意这个回答。
如果，只靠着兵部，都察院和五军都督府的监督就能把军镇给管理好，那么大明的卫所制也不至于被败坏到这般田地。
显然，原来的那一套行至今时，早就破败不堪，不能承担大用了。
但是，这些话朱常洛也不能跟申时行讲。
朱常洛说道：“这份议罪的章程就先放在孤这里，等孤奏明了父皇，待父皇圣裁以后，孤就下令内阁终结此案。”
申时行听到这话后，他不由的松了口气，这件事总算是快要结束了。
“殿下圣明。”
朱常洛听着申时行的这句圣明，他不由得笑了。
朱常洛道：“圣明不圣明，孤说了不算。但是这次蓟镇的事情和石星等人的罪过，让孤明白了一个道理。孤觉得靠着现行的都察院和六科给事中的职能，他们并不足以起到监察百官，纠正朝廷风气的作用。所以，孤决议新设廉政署和反贪署，此二署分别设置于内阁和都察院之下。内阁主管廉政署，司署长官暂由钟化民担任。都察院主管反贪署，司署长官由董其昌担任。申先生以为如何？”
申时行没想到朱常洛一张口就要设置