巩固封建社会统治秩序的精神支柱，对后期封建社会的变革，起了一定的阻碍作用。同时被称为史上最有才无德的人。其实真正去了解过历史的人，就会明白，其实这些都是一些有心人的诬陷。
有人说朱熹在台州为官，看上当地才女营妓严蕊，没曾想人家根本不理朱熹，反而和台州太守唐仲友厮混，不明不白的。朱熹气不过，连上七份奏折上中央，控诉唐仲友、严蕊两人又不正当的关系，请求严惩。怕证据不够可信度不高，还将严蕊屈打成招，逼其承认跟唐仲友有奸情，皇帝看不下去，出面保下两人。
真相是浙东大饥荒，朱熹被下派前往赈灾，发现台州的地方官员唐仲友违法乱纪，串通上下官员黑下赈灾粮食，闹得天怒人怨。朱熹查明真相收集证据，先后六次状告唐仲友，终于将其官职罢黜，为民除害。唐仲友忿忿不平，便暗地里中伤朱熹，污蔑朱熹是看上严蕊才搞自己的。
有人说朱熹虐待自己的亲娘，明明家里有钱能用更好的米做饭给老人家吃，朱熹偏不用好米，太不孝顺。
然而朱熹是内外合一、中外认可的儒学大师，既然儒学，那自然重“孝义”，哪会这么抠门？有史记载，母亲去世，朱熹在其墓周围建屋守孝长达六年之久，孝心感天动地。说朱熹不孝顺，扭曲朱熹的是监察御史沈继祖，两人政见和思想不合。
有人说他爱上武夷山寡妇，两人常常偷偷摸摸的同居。
然而当时正是朱熹思想和门徒蓬勃发展之际。创武夷精舍（又称紫阳书院、武夷书院），广收门徒讲学，著书立说为后世谋福。要这事是真的，朝夕相处的学生肯定早就发现了，不可能还有这么多推崇他的门人弟子。
更有甚者说朱熹儿子死了，他自己搞大了儿媳肚子。而这事同样也是沈继祖说的，他还说朱熹娶了两个尼姑。至于事情是真是假无从得知，但个人认为都是编造或扭曲事实的事情。
何谓大儒，行得直坐得正，世人认可他的学识和人品。这些说法的盛行是在宋朝“庆元党禁”时期，正史记载，中央朝廷的监察御史沈继祖捏造“十大罪状”弹劾朱熹，理学遭到重创，朱子的门生故吏流放的、坐牢的都有。学习朱子理学者，不可参与朝廷选拔，入仕为官。
朱熹在这样的大风波中度过晚年，欲加之罪，何患无辞。朱熹这些黑历史，流传到今天。庆元六年朱熹生命垂危，还放不下自己毕生著作和道统，生怕后继无人，道统失传。朱熹病逝，众多仰慕者自发前往信州参加会葬，上层权贵感到恐慌，就下令约束，实际效果却不佳，仍有近千人参与葬礼。朱熹谥号“文公”，追赠宝谟阁直学士，追封徽国公。后代统治者不断加封，鲜有例外者。如果真有