帝国会陷入内战。
两百九十年前，因为“他们”与圣血天使、极限战士的联合征讨行动中表现优异，继而获得神圣泰拉的邀请庆功，也就是在那一次宴会，帝皇再次与两位孪生原体暗下会面。
那时，帝皇告诉“他们”用不了多久便会有原体选择反叛，而“他们”和阿尔法军团所要做的，便是尽可能协助叛乱原体成功推翻原有政权。
当两位孪生原体从帝皇那里得知这番内容后，就算“他们”再喜欢搞神秘，搞谜语人，也无法理解帝皇为什么要“他们”反叛。
但帝皇还刻意叮嘱过一旦叛乱成功，那么“他们”所需要做的便是扩编军团，并把帝国真理、无神论和忠于人类、服务人类的理念，在不被发现的前提下传授给新兵。
而且叛乱成功之后的三百年内会再度出现重大变故，届时，帝皇表示“他们”会知道该怎么办的。
从帝皇那里获得“不明所以”的叮嘱和命令后，整支阿尔法军团也愈加变得“不明所以”了，不过，无论怎么样，阿尔法军团上下都对帝皇保持着绝对忠诚。
于是自从此次庆功聚会之后，阿尔法更加严密监视每支军团，得知了洛嘉奥瑞利安自甘堕落，也得知荷鲁斯遭受腐化。
时间推进至大叛乱，为了尽可能歼灭忠诚派，荷鲁斯谋划了尹斯特凡七的大屠杀，而为了完成帝皇叮嘱，阿尔法瑞斯和欧米加选择加入反叛队伍。
接下来的一切，阿尔法也都在“尽心尽责”的“助纣为虐”，所以在叛乱途中，经常能看到明明不擅长冲锋陷阵的阿尔法瑞斯和欧米加，会主动选择与忠诚派的原体进行对决，然后落得个重伤下场的结局。
但也正是这对孪生兄弟的冲动表现，加之接受混沌力量的祝福，赢得了荷鲁斯和一众叛变原体的信任。
并且阿尔法瑞斯和欧米加，自始至终都知晓康拉德科兹曾暗中面见帝皇，然后午夜领主虽说也加入叛徒行列，但却拒绝信仰，甚至极端痛恨、厌恶混沌。
对此，“他们”俩有理由相信，科兹是不是从父亲那里获得相似的叮嘱？
所以阿尔法军团按照“他们”的示意，还会尽可能的帮午夜领主打各种掩护。
再之后，旋涡空间门开启，新人类帝国和主宇宙人类展开交锋，“他们”又从荷鲁斯那里接到命令，去骚扰、袭击主宇宙远征军的后勤补给行星和星系之际，阿尔法瑞斯和欧米加总算知道帝皇要让“他们”两个做什么了