结构输入进去,通过计算,可以模拟出分子结构的三维图片,还可以预估分子轨道的分布和能级结构qupa ¤cc
但主要是用来分析小分子的,我们做的高分子,只能把几个基本的结构单元画出来,进行模拟计算,结果的准确性不高qupa ¤cc
我一般都是只是看看二面角,一般情况下分子的共面性越好,性能越好qupa ¤cc
此外,还可以通过HOMO/LUMO能级分布,判断大分子主链的共轭程度qupa ¤cc”
“不能把整个大分子弄进去吗?”许秋道qupa ¤cc
“因为是模拟计算,你输入的原子数量越多,计算的复杂度就越高,所需要的算力越多qupa ¤cc
我们又没有超算,平时算一两个结构片段都要半个小时,把整个分子都弄进去不得算上一个月qupa ¤cc”
许秋心中盘算着能不能用系统升级一下DFT模拟计算的功能,不过这是之后的事情了,DFT的流程还没有学完qupa ¤cc
“学姐,怎么画分子结构呢qupa ¤cc”许秋道qupa ¤cc
“哎呀,说了这么多,最重要事情的忘记教你了qupa ¤cc”陈婉清尴尬道:
“要先去学校正版软件那里下载ChemBioOffice软件包,里面有很多的软件qupa ¤cc
我们要用到的是Chemdraw软件,这是专门用来画分子结构的,不过,软件包有些大,你先用我的电脑画吧qupa ¤cc”
陈婉清打开软件,一边示范,一边讲解:
“操作起来很简单,先选择一个ACS的模板,然后像画图一样把分子结构画出来就行了qupa ¤cc
常用的苯环、噻吩环、碳碳单键、双键都有预设的图形,点击一下就能自动绘制qupa ¤cc
像我们平常在文献中看到的分子结构基本都是用这个软件做出来的qupa ¤cc
怎么样学弟,你学废了吗?”
“学会了,看着确实挺简单的qupa ¤cc”许秋点点头qupa ¤cc
“好呀,画完分子结构后,导出成.cdx格式的文件,就可以进行DFT模拟了qupa ¤cc”陈婉清道:
“当然也可以用其他ChemBioOffice的软件打开,比如Chem3D,可以看到所绘制分子的球棍模型或者原子模型qupa ¤cc”
……
两人将各自的分子结构画好后,拷贝到U盘中,前往魏老师办公室qupa ¤cc
“怎么样,循环水修好了吗?”魏兴思问道qupa ¤cc
“修好了,漏水原因是……”
许秋说了一半,看到陈婉清在疯狂给他使眼色qupa ¤cc
他心思急转,莫非学姐