当是时，昌则玉作为王嘉胤身边的第一谋主，稳坐军师交椅，比起浑浑噩噩的王嘉胤，精于算计的他才是实质上的掌权者，称“一人之下万人之上”半点不为过。为了进一步攫取对军队的掌控，他联合王嘉胤的部将王自用逼死了另一位宿老吴廷贵，从此大权独揽。可以说，从崇祯三年到崇祯四年的这一年时间里，是昌则玉最春风得意的时光。
但他的黄金期却没有持续多久。崇祯四年，王嘉胤遭遇当时首次入晋、陕作战的延绥东路副总兵曹文诏。声势浩大的王嘉胤并没有将初次见面的曹文诏放在眼里，他按照预定计划强渡黄河，进入山西，在菜园沟与官军激战，并取得胜利。这次的获胜使王嘉胤大为振奋，昌则玉也被形势所迷惑，认为大明当真已经到了不堪一击的地步，满心想着收拢晋中群寇，而后分道河南、北直隶，最后直捣京城改朝换代。
哪料命运和他开了个大玩笑，四年六月，王嘉胤轻军冒进，在阳城陷入官军重围，并在曹文诏的打击下军灭身死，满腔雄心壮志化作南柯一梦。他死后，流寇内部地动山摇，几有全面崩溃的态势，又是昌则玉审时度势，及时抬出王自用，奉为王嘉胤的接班人，同时争取到了高迎祥、张献忠等一流强寇的支持，这才稳住了局面。
王自用掌盘后，并没有重用昌则玉，相反，因为曾经与昌则玉同谋害死吴廷贵，王自用明里暗里都十分提防昌则玉。昌则玉虽然依旧顶着个“大军师”的头衔，坐着第二把交椅，但他心里清楚，王自用完全不信任自己。
昌则玉在王自用营中一直呆了近两年，直到王自用不听劝告，一意北进山西的榆次、寿阳，紧逼太原，他认为这是“取死之道”，毅然脱离了王自用独走。他走后不久，王自用果然在官军的“重点关照”下连战连北，最后于武安大伤并在当年五月因伤死于济源。
王自用死后，流寇中群雄并起，但无论是高迎祥还是张献忠乃至其他大寇，没有一个愿意主动延揽昌则玉。原因很简单，昌则玉的资历太深，甚至深到了盖过他们一头，他们找不到一个合适的地位用于安置他。更重要的原因是，他们都或多或少与昌则玉打过交道，知道此人很难驾驭，倘若随意招入麾下，恐怕弊大于利，昌则玉自己对此也了然于胸。
故而其后几年，昌则玉一直在各地的中小型流寇集团里寻找容身之地，这些流寇大多听说过他的名头，但此前从未有机会接触过，所以开始就有崇敬之心。加之昌则玉善用权术，基本将所有的寄主都唬得一愣一愣，将自己奉若