为就在这三十来个小时里，“母体”内已经乱成一锅粥。
消息传递得甚至比王虎想象的还要快无数倍，各方势力纷沓而至。真正的“母体”尚且态度不明，但母体特工已经大规模出动，在寻找一个不知名的箱子，“病毒”和“废弃程序”势力也都先后被卷了进去。
更不用说反抗者的大本营“锡安”，那边简直如火山喷发般炸裂开来！
在黑客帝国三部曲的结尾，电子章鱼大军正在进攻人类最后的家园“锡安”。眼看锡安即将沦陷之际，崔妮蒂开着电磁船载着救世主尼奥突破重重封锁，来到了机械城，机械大帝的面前。
尼奥说服机械大帝，用他击败人类和机械的共同敌人史密斯，做交易，换取机械和人类的和平。
机械大帝同意。
最终尼奥在第二次死而复生中，并彻底击败了史密斯。
拯救了机械、锡安与人类。
当飞船坠毁时，坐在驾驶位的崔妮蒂被几根钢筋前后穿插。当时尼奥以为她死了，实际上崔妮蒂只是暂时休克。当然，死不死并不重要，因为本就抱着必死的念头前来。
在战后，机械大帝遵守与尼奥的约定，与人类达成和平，甚至把重伤的崔妮蒂和陷入永眠的尼奥送回“锡安”。
然而随着电子章鱼不再攻击自由的人类和“锡安”，外敌消失，这片最后家园却跟着陷入分裂。
在战争刚结束时，尼奥的名声如日中天，被当做上帝一样崇拜。但随着时间推移，尼奥始终没能醒来，锡安中的“救世”派快速摔落，“元老”派再度占据上风。
而元老们的观点是，“不是尼奥拯救了锡安，是锡安拯救了锡安自己。”这么说其实也没错，毕竟就连尼奥也是锡安主动唤醒的……并且这个说法，更能唤醒锡安人的自豪感和凝聚力，对锡安的重建更有帮助。
分裂的根源早就埋下，当初锡安的元老们就不相信什么救世主，“放弃幻想，全力备战！没有什么神仙皇帝，也没有救世主，只有自己才能救自己”！
他们努力建设锡安，抱的情怀就是拼死一搏，打得过就打，打不过大不了一死！
而墨菲斯那一派相信先知的话，到处搜寻救世主。他们认为手段不重要，结果才重要如果真有救世主能拯救锡安，那就信！救世主是末世之中的唯一希望。
你说有错吗？其实谁都没错。
现在锡安得救了，但原因却众说纷纭，反正机械大帝也不会好心来解释一下……就成现在这样了。
结果钥匙还没送进“母体”呢，效果却突然被踢爆出来！
简单的说就是，“这是母体下一步升级的关键，掌握了它就相当于掌握了母体的命脉！”这么说其实也没错，毕竟母体大建超级奇观，还带着人口爆炸的人类，结果发现能源即将枯竭王虎这个一百克反物