几天后，刚刚当上联军司令长官的袁世凯就发现了一个异常情况：日本联合舰队第一游击队司令坪井航三率领的四艘日本军舰，在完成护送运兵船的任务后并没有回国，而是在吴淞口驻扎了下来，还经常派兵到江面上巡逻。
为了弄清楚这到底是怎么回事，袁世凯立即约见山县有朋，问道：“山县将军，贵国向我国递交的文件里没有说要派海军来我国，但是现在的情况和文件上写的不一样，请山县将军解释一下。”山县有朋回答：“袁将军，贵国最精锐的海军北洋水师已经归顺唐军，每天都在长江里游弋，而贵国的南洋水师实力远不及北洋水师，根本无法为我国的运兵船提供有效保护，所以我们只能自己派军舰对运兵船进行保护。”袁世凯问道：“你们派军舰保护运兵船无可厚非，但现在贵军已经全部登陆，护航的任务已经完成，贵军的舰船为何没有回国？”山县有朋回答：“天皇陛下考虑到贵国海军实力较弱，无法与唐军抗衡，故任命联合舰队第一游击队司令坪井航三为援华派遣军副司令，率领吉野、浪速、秋津洲、高千穗四艘战舰加入援华派遣军作战序列，以加强联军的水面作战力量，此四舰在大东沟海战中作战勇敢，功勋卓著，此次再来贵国，必能大败唐军与长江之中。”袁世凯听到山县有朋提到了让北洋水师损失惨重的大东沟海战，大为不悦，说道：“山县将军，恕我直言，唐峰的政府和德国人建交，而且唐军擅长在战斗中发扬火力，舰队的炮弹肯定很充足，当年的北洋水师不能与今日的唐军舰队相提并论。更重要的是唐军有一种会飞的怪异武器可以从天上发射炸弹，贵军要多加小心。”山县有朋发现袁世凯生气了，赶紧借故告辞。
山县有朋走后，袁世凯派人叫来南洋水师提督李成谋和陆军将领段祺瑞，命令他们秘密派出军队向日本军队的驻地布置警戒，一旦发现异常情况立即报告，违者严惩不贷。
就这样三国两天后，联军内部又发生了一件让袁世凯头疼的事情，事情的原委是这样的，几个日本兵到乡间作恶，抢走了村民家里的鸡和粮食，一个村民上前阻拦竟被他们开枪打死。
还有一个姑娘遭到日本兵强奸，含恨自杀。日本兵走后，其他村民抬着尸体喊着：“杀人偿命，日本兵滚出中国去。”等口号，进城去找袁世凯告状。
村民们来到联军司令部门前停了下来，继续高呼口号。卫兵见状赶紧上前询问情况，村民们讲述了事情的经过，求见袁世凯。
袁世凯收到报告后，亲自出来安抚民众。他说道