正在大明朝的文官们为了立太子一事吵得不可开交之时，一场场战争正在酝酿之中。1592年，夏宁起兵造反，明军围城6个月攻克夏宁城，平定了叛乱，史称夏宁之役，也就是万历三大征中的第一征。
不久之后从鲜朝传来了军日入侵的消息，刚刚统一本日的丰臣秀吉为了转移国内矛盾，竟做起了称霸亚洲的美梦。以鲜朝为跳板大举入侵华夏。
短短一个月，日军就攻陷了鲜朝三都八道。鲜朝宣祖李昖仓皇出逃，派使臣去明朝求援。本着保护藩属、御敌于国门之外的原则，万历派李如松统领4万大军入朝作战。
在平壤之战中取得大捷，以死伤不到千人的代价歼灭了上万日军，小西行长仓皇逃窜，明军顺利收复了朝鲜的多个城池。
之后一路南下乘胜追击，在汉城以北的碧蹄馆与日军遭遇，双方激战一日，死伤惨重。由于粮草供应不足，朝鲜国内瘟疫流行，战争陷入了僵局，中日两方开始议和谈判。
正当两方议和使臣互相坑蒙拐骗的时候，明朝的播州又发生了叛乱，杨应龙起兵造反。由于明军准备不足，被叛军打得节节败退。
而那边本日与明朝的谈判也随之破裂。次年正月，日军再次出动14万大军入侵朝鲜。明朝再次派兵入朝，与朝军联合作战。这时丰臣秀吉突然去世，日军无心恋战，只想赶紧撤回本日。
在露梁海战中日军死伤惨重，仓皇逃回本日。万历朝鲜战争的胜利是大明王朝最后的辉煌，第二年4月大军回师。
一直懒得上朝的万历也特意出席了受俘仪式，将61位本日俘虏斩首，颁布了“平倭诏”，表明对我国家人恩浩荡，恭顺者无困不远，15分扬跳梁者，虽强必戮。两个月后，播州杨应龙之乱也彻底平定，万历三大征全部获胜而告终。
然而谁也想不到短短20年后，明军竟然会一溃千里，走向灭亡之路。
1601年，在吵了10多年之后，万历终于下旨立皇长子朱常洛为皇太子，皇三子朱常洵为福王。然而这并不能让朝中的争论平息下去，万历对福王朱常洵非常偏爱，文官们担心皇帝有一天会废长立幼，于是又纷纷吵着要让朱常洵赶紧就藩。
万历也因此对王恭妃母子更加反感。朱常洛被立为太子后就搬到了慈庆宫，而王恭妃从此处于后宫之中，再也不能看见儿子一面，直到临终前才与儿子相见。
1614年，福王朱常洵就藩洛阳，万历下旨划拨湖广4万顷庄田给福王府。