按照大明军队的惯例，练兵的或者带兵的总要吃点儿空饷、喝点儿兵血，总之再穷不能穷教头，再苦不能苦将军。但徐光启不仅没有吃空饷，反而想尽办法让耶稣会掏钱给他练兵用。
他的理由很充分，只要能用西式练兵法练出一支强军，然后在辽东或是别的什么地方打出点儿成绩，就能得到朝廷的认可。
但实际上，他不敢按西式练兵法练兵，因为耶稣会的资金支持，不仅不能解决旧有的问题，反而会引发新的问题。说得直白点儿，徐光启坑了耶稣会一笔钱来练大明的兵。
为了尽可能地让麾下的小一千人形成战力，徐光启选择了昂贵的戚氏练兵法。
首先是选兵，戚继光的选兵法总结下来是五用七不用：
强壮、视力好、手脚修长灵活、畏惧官府、面相有福且岁数在三十以下的人可以用。
但混迹社会、花拳绣腿、性格偏执、喜欢高谈阔论、面白怕事的人、在衙门混过日子的老油条，以及岁数超过四十的人不用。
总而言之，徐光启拿着朝廷的拨付的军饷和耶稣会的补贴，按照戚继光的选兵法勉强找了九百多个四肢发达、为人老实、遵纪守法、畏惧官府的年轻肌肉男来当兵。
这件事他做得滴水不漏，每一笔款子都是走的兵部的账，皆是以朝廷的名义而不是他徐光启或是耶稣会的名义发饷。他也没敢在这支部队里宣扬天主教义，这是找死。
不过结果还是好的。他在寄给澳门耶稣会的函件里，巧妙地把这笔钱和这支部队添了进去。说皇上愿意接纳耶稣会的重要原因之一，就是看重了他练的兵，耶稣会的钱花得值，所以过来的时候记得再多带一点儿。
戚家军的步军营编制，是12人为一队。
一个杀手队包括队总1人、藤牌手2人、狼筅兵2人、快枪手2人、镋钯手2人、大棒手2人、火兵1人。
同时，一个鸟铳队包括10名鸟铳手、1名队总和1名火兵。
鸟铳队与杀手队，通常按一比一组成部队。
3队为1旗，每旗设旗总1人，全旗官兵37人；3旗为1局，每局设百总1人，全局官兵共112人；4局为1司，每司设把总1人，全司官兵共449人；2司为1部，每部设千总1人，全“部”官兵共899人。
3部为1营，设将官1人，中军1人，火器把总1人，加上部以下官兵2697人，全营战兵总计2700人。